西昌学院民族预科教育始于1980年,是川内最早承担民族预科教育的省属高校之一。
少数民族预科教育学院的前身是西昌师专预科部,1984年7月,经四川省高教局“川高教教发1983[89]号”文件批准成立,当年面向民族地区招收60名少数民族学生。
西昌农专于1997年成立预科部。
2004年合并成立西昌学院预科部,招收少数民族本科预科、专科预科两个批次的民族预科生。2005年增加一类模式预科的招生。
2009年12月学校系部调整,成立少数民族预科教育学院。
2017年5月31日,四川省教育厅正式下文同意在西昌学院设立四川省普通高校少数民族预科教育基地(川教函【2017】294号)。
从1984年招生开始,至今已招收38届预科学生,规模从当初的每年几十人发展到现在的800多人。