动物科学学院前身为1939年创建的国立西康技艺专科学校所设畜牧科，是西昌学院历史最为悠久的学院之一，有85年办学历史。

　　1939年，抗日烽火中，天津北洋大学工学院内迁西昌，选址西昌泸山，创建国立西康技艺专科学校，设立畜牧科；下设畜牧兽医组、蚕丝组

　　1950年，西昌解放后，国立西康技艺专科学校更名为西昌技艺专科学校，设畜牧科；畜牧兽医专业

　　1953年，西昌技艺专科学校改名为西昌农业学校，设畜牧科；畜牧兽医专业

　　1964年，为支援成昆铁路建设，学校从泸山迁址马坪坝，组建西昌地区“五·七”农业大学，设畜牧科；畜牧兽医专业　　

　　1978年，中国高等教育步入了新的发展时期。12月28日，经国务院批准，在西昌地区“五·七”农业大学的基础上组建成立西昌农业专科学校，学校设立畜牧科，开设有兽医专业；　　

　　1985年，畜牧科更名为畜牧兽医系，开设有兽医专业、畜牧专业；　　

　　1990年畜牧兽医专业、养殖专业开始招生；

　　1992年7月改名为西昌农业高等专科学校，设立畜牧兽医系，专业有畜牧兽医专业、养殖专业；

　　1998年至2003年，西昌农业高等专科学校畜牧兽医系改名为动物科学系，专业在原来畜牧兽医专业基础上逐年增加，水产养殖专业（1998年设置，淡水渔业→淡水养殖→淡水养殖与管理→水产养殖技术）、动物营养与饲料加工专业（2000年设置）、野生动物与自然保护区管理专业（2001年设置，旅游管理→野生动物与自然保护区管理专业）、动物药学专业（2002年设置）；

　　2003年5月8日，教育部批准西昌农业高等专科学校、西昌师范高等专科学校、凉山大学、凉山教育学院合并组建西昌学院，设立动物科学系，动物医学本科专业开始招生（为学校最早开始招收本科生的6个本科专业之一）；根据学校发展规划，动物科学系逐年增设本科专业、减少专科专业，其中本科专业开设情况为：动物科学专业（2004年设置）、水产养殖学专业（2005年设置）、野生动物与自然保护区管理专业（2006年设置）；专科专业除畜牧兽医专业一直保持招生外，其余专科专业于2005年后逐步停止招生；

　　2009年开始，动物科学系改名为动物科学学院，本科专业在原有专业的基础上进一步增加，其中生物科学本科专业于2011年由当时的轻化工工程学院调入，环境科学与工程专业（2013年设置，2017年调入学校资源与环境学院），动物药学专业（2014年设置），制药工程专业（2016设置）。2019年畜牧兽医专科专业列为四川省本土人才培养计划专业，2020年动物医学专业获批第二学位授权点专业，智慧牧业科学与工程专业（2024年设置）。

　　目前，动物科学学院现有7个本科专业（动物医学、动物科学、水产养殖学、野生动物与自然保护区管理、制药工程、生物科学、动物药学、智慧牧业科学与工程），1个畜牧兽医专科专业。现有招生专业有动物科学专业、动物医学专业、水产养殖学专业、制药工程专业、智慧牧业科学与工程专业。