2004年四校合并组建西昌学院,原西昌师专和凉山州教育学院数学系、物理系合并组建数理系,原西昌师专化学系、生物系和凉山州教育学院化学系合并组建生化系,2009年12月学校成立二级学院,数理系和信息技术系组建汽车与电子工程学院,生化系与食品系组建轻化工程学院。随着办学成果的日渐显著、规模和影响力的不断扩大,全校对学科专业布局进行调整和二级学院的重组,2016年12月成立西昌学院理学院。
现有数学与应用数学(师范)、化学、材料科学与工程3个本科专业,在校本科学生1000余人。现有专兼职教职工71人,其中教授5人,副教授25人;博士22人,在读博士6人,硕士36人。